2006年10月中旬，国家税务总局下发了《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号，以好简称为“通知”），明确了增值税专用发票及相关的基本概念，规范了当前增值税专用发票使用规定，为进一步加强增值税征收管理打下坚实基础，自2007年1月1日起施行。
“通知”为集大成者，是1994年增值税专用发票使用以来的经验、教训的总结，适合当前的工作形势和潮流，是一个规范蓝本。既方便了纳税人，又方便了税务管理者及研究者。纵观上下，主要体现以下特点：
一、涉及概念较多，解释简明扼要。概念或者解释纵多是本“通知”的一大特色。“通知”对多年使用的增值税专用发票、防伪税控系统、最高开票限额、专用设备、通用设备、初始发行、抄税、报税、认证、认证相符、信证不符、无法认证、重复认证、密文有误、失控专用发票、发票联、抵扣联、记账联、纳税人识别号认证不符、专用发票代码、号码认证不符、未按规定保管专用发票和专用设备等20多个概念进一步明确、高度概括，内容叙述简洁明了，易于理解操作，避免产生歧义。
正确理解和掌握了这些概念，为正确操作运用打下良好基础。
二、按照前后顺序，一般中有特殊，便于规范操作，操作性相当强。“通知”对增值税专用发票的使用，大致按照先后顺序进行，对中间出现的问题及时有相应措施。前提是纳税人通过增值税防伪税控系统使用专用发票。先是实行最高限额管理，采取纳税人申请税务机关调查核实方式。不同的限额规定，分别由不同级别的税务局机关实地调查核实后批准。需要说明的一点是，最高开票限额为十万元及以下的增值税专用发票，指的是万元版、千元版、百元版本的发票，具体讲销售额（不含税）栏不得高于10万元。
发行与开具。确定发票使用面额或者版本后，具体发行工作由区县级税务机关负责。涉及初始发行、变更发行、注销发行。发行成功后，一般纳税人凭《发票领购簿》、IC卡和经办人身份证明领购专用发票。开具发票，作出具体限定，加入汇总开具操作；发生销货退回、开票有误等情形区分情况处理，采用作废、开具红字等规定。开具红字，由一般纳税人填报的《申请单》，税务机关审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》，在防伪税控系统中以销项负数开具。需要注意的是，《通知单》应与《申请单》一一对应，红字专用发票应与《通知单》一一对应。
申报与认证。报税。在申报所属月份内分次向主管税务机关报税。一般纳税人注销税务登记或者转为小规模纳税人，主管税务机关缴销其专用发票。认证。出现不同的情况，采用不同的处理方式。丢失发票抵扣联、发票联如何处理等都有规定。
三、控制关键环节，实现以票控税、具体情况具体处理。这主要体现在严格发票领购与开具上。
一般纳税人不得领购专用发票有多种情形规定。如：会计核算不健全，不能向税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数据及其他有关增值税税务资料的；有《税收征管法》规定的税收违法行为，拒不接受税务机关处理的；经税务机关责令限期改正而仍未改正的八种情况：虚开增值税专用发票、私自印制专用发票、向税务机关以外的单位和个人买取专用发票、借用他人专用发票、未按本规定第十一条开具专用发票、未按规定保管专用发票和专用设备、未按规定申请办理防伪税控系统变更发行、未按规定接受税务机关检查。
开具发票限制主要体现在问题多发行业或者企业上：商业企业一般纳税人零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品不得开具专用发票。增值税小规模纳税人（以下简称小规模纳税人）需要开具专用发票的，可向主管税务机关申请代开。销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。
符合开具条件时，开具时要符合规定：项目齐全，与实际交易相符；字迹清楚，不得压线、错格；发票联和抵扣联加盖财务专用章或者发票专用章；按照增值税纳税义务的发生时间开具。突出票、物相符，防止虚开。划清责任，对不符合规定要求的专用发票，购买方有权拒收。
向税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数据及其他有关增值税税务资料，由省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局确定，赋予下级税务机关更大的自由裁量权，是一种更为负责的态度。针对各地纳税人的具体情况，报送相应材料，体现具体情况具体分析、具体处理。
四、较好地解决了红字发票开具问题。“通知”从第十四条到第十九条计六条的内容，解决多年困扰税务机关、纳税人的负数发票问题（红字），通过《申请单》、《通知单》等，解决纳税人销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件、或者因销货部分退回及发生销售折让的问题。对销售方和购货方都有具体规定，销售方凭购买方提供的《通知单》开具红字专用发票，在防伪税控系统中以销项负数开具。内容较为简单、明了，实现规范性操作，实用性强。
五、更体现人性化管理。对无法认证、纳税人识别号认证不符、专用发票代码、号码认证不符的增值税专用发票，可采取补救措施：税务机关退还原件，购买方可要求销售方重新开具专用发票。对重复认证、密文有误、认证不符、列为失控专用发票等类型的异常发票，不是采取武断措施一棍子打死，而是采取税务机关扣留原件，查明原因，分别情况进行处理。
对丢失的发票及无法认证的发票税务处理更能体现这一点：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
专用发票抵扣联无法认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证。专用发票发票联复印件留存备查。
六、“通知”更为规范、严谨。本“通知”语句高度概括，措词严谨，自2007年1月1日起施行，给大家一段理解、学习的时间，较好地实现过渡。对与本“通知”相同或类似、抵触或矛盾的文件列举出来，以本“通知”为准，更为规范、统一、体现法律法规的尊严。
七、同时废止8个相关文件，影响较大、深远。
《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）的原因、条件是增值税专用发票手工版已成为历史，增值税防伪税控系统全面推行运用，一切纳税系统管理的条件已经成熟。相应地，以前曾经发挥过巨大作用或重要作用的专用发票管理文件已不适应当前形势需要，退出舞台成为必然。以下对废止的文件进行一一分析：
1、《国家税务总局关于印发〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔1993〕150号）使用的条件是：增值税专用发票的使用者绝大多数为手工开具，基本联次为四联；用电子计算机开具专用发票的纳税人极少，占的比例相当低，防伪税控系统未运行，计算机开具专用发票需要报经主管税务机关批准并使用由税务机关监制的机外发票。
2、《国家税务总局关于增值税专用发票使用问题的补充通知》（国税发〔1994〕056号）是为了解决商业零售企业开具专用发票的随意性较大，票面填写的差错较多问题，实际上是商业企业手工开具发票随意性大问题，作出一些限定措施加以管理。
3、《国家税务总局关于由税务所为小规模企业代开增值税专用发票的通知》（国税发〔1994〕058号）解决的是一般纳税人向小规模纳税人购进货物不能取得专用发票,无法抵扣进项税额问题，为了既有利于加强专用发票的管理,又不影响小规模企业的销售，实行税务机关按照6%税率手工代开专用发票。
4、《国家税务总局关于印发〈关于商业零售企业开具增值税专用发票的通告〉的通知》（国税发〔1994〕081号）内容是加强商业企业开具手工版增值税专用发票管理，商业企业专用发票要有专人负责保管、开具，对方为增值税一般纳税人，一次性填开，违反规定者予以处罚等内容。
5、《国家税务总局关于修改〈国家税务总局关于严格控制增值税专用发票使用范围的通知〉的通知》（国税发〔2000〕075号）规定内容是要严格控制专用发票的使用范围：商业企业零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽(不包括劳保专用部分)、化妆品等消费品不得开具专用发票；对工商企业销售的机械、机车、汽车、轮船、锅炉等大型机械电子设备,如购货方索取增值税专用发票,销货方可开具增值税专用发票。目的防范增值税专用发票手工开具乱开、开具不规范、虚开等问题。
6、《国家税务总局关于加强防伪税控开票系统最高开票限额管理的通知》（国税发明电〔2001〕57号）是为了解决不法分子利用防伪税控系统开具大面额发票进行犯罪活动较为突出问题，当时情况是防伪税控系统部分运行，审批开具不规范，为了加强管理，限制增值税专用发票电脑版版面，即专用发票最高开票限额，以防范重大偷骗税案的发生。电脑版专用发票与手工版专用发票并行、仍以手工版为主，防伪税控系统处于初始阶段。
7、《国家税务总局关于增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票有关税务处理问题的通知》（国税发〔2002〕010号）是为了为解决增值税一般纳税人（以下简称一般纳税人）丢失增值税专用发票产生的涉税问题。与本“通知”第二十八条说的是同类问题，第二十八内容更为全面、规范，完全替代以前相关规定后又作出进一步明确。
8、《国家税务总局关于进一步加强防伪税控开票系统最高开票限额管理的通知》（国税发明电〔2002〕33号）为的是解决最高开票限额审批不够严格，部分地区或单位没有认真进行审查核实问题，文件核心内容是：实地核查。批准使用十万元版专用发票（即最高开票限额为一百万元）的，必须由地市级税务机关派人实地核查；批准使用百万元版、千万元版专用发票（即最高开票限额为一千万元、一亿元）的，必须由地市级税务机关派人实地核查后将核查材料报省级税务机关审核。
以上8个文件中前5个的规定均是针对增值税专用发票手工开具中存在的问题，当时防伪税控系统基本未推行或处于萌芽阶段。后3个文件的规定是防伪税控系统已经有一定市场，初始阶段出现的问题比较多，需要进一步探索、完善、规范，当时手工版专用发票数量、规模仍很巨大。
随着《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）、《国家税务总局关于进一步明确推行防伪税控系统和金税工程二期完善与拓展有关工作的通知》（国税函[2003]139号）等几个与防伪税控系统推行相关的文件的下发，手工版增值税专用发票完成了历史使命，为全面推行运用防伪税控系统打下了扎实基础，为本“通知”的下发创造了良好条件。
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