本文主要探讨“营改增”过程中企业需要关注的几个问题。
一、理清承包、承租、挂靠经营方式下的纳税人。
企业的经营方式多种多样，以承包、承租、挂靠方式经营的，是以发包人为纳税人，还是以承包、承租、挂靠人为纳税人呢？
财税[2011]111号《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》附件1的《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称）第二条规定：单位以承包、承租、挂靠方式经营的，承包人、承租人、挂靠人（以下称承包人）以发包人、出租人、被挂靠人（以下称发包人）名义对外经营并由发包人承担相关法律责任的，以该发包人为纳税人。否则，以承包人为纳税人。也就是说，如果以发包人名义对外经营而且由发包人承担相关法律责任的，发包人为纳税人；如果不同时满足这两个条件的，以承包人为纳税人。
二、公路、内河货物运输业自开票纳税人应税服务年销售额未超过500万元可以不认定为一般纳税人。
财税[2011]111号文件附件2《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第五项规定：《试点实施办法》第三条规定的应税服务年销售额标准为500万元。同时规定试点地区应税服务年销售额未超过500万元的原公路、内河货物运输业自开票纳税人，应当申请认定为一般纳税人。
在财税[2012]71号中废止了《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第（五）项中，“试点地区应税服务年销售额未超过500万元的原公路、内河货物运输业自开票纳税人，应当申请认定为一般纳税人。”的规定。也就是说，公路、内河货物运输业自开票纳税人应税服务年销售额未超过500万元可以不认定为一般纳税人。
另外还需注意，《试点实施办法》第五条规定：除国家税务总局另有规定外，一经认定为一般纳税人后，不得转为小规模纳税人。
三、混业经营，理清税率。
提供适用不同税率或者征税率的应税服务，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。
《试点实施办法》第十二条规定增值税税率：
（一）提供有形动产租赁服务，税率为17%。
（二）提供交通运输业服务，税率为11%。
（三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
（四）财政部和国家税务总局规定的应税服务，税率为零。
不同的业务适用于不同的税率。
（一）分清光租、干租、程租、期租、湿租业务。
1、远洋运输的光租业务和航空运输的干租业务适用于提供有形动产租赁业务，税率为17%。
光租业务，是指远洋运输企业将船舶在约定的时间内出租给他人使用，不配备操作人员，不承担运输过程中发生的各项费用，只收取固定租赁费的业务活动。
干租业务，是指航空运输企业将飞机在约定的时间内出租给他人使用，不配备机组人员，不承担运输过程中发生的各项费用，只收取固定租赁费的业务活动。
2、远洋运输的程租和期租业务属于水路运输服务，税率为11%。
程租业务，是指远洋运输企业为租船人完成某一特定航次的运输任务并收取租赁费的业务。
期租业务，是指远洋运输企业将配备有操作人员的船舶承租给他人使用一定期限，承租期内听候承租方调遣，不论是否经营，均按天向承租方收取租赁费，发生的固定费用均由船东负担的业务。
3、航空运输的湿租业务，属于航空运输服务。税率为11%。
湿租业务，是指航空运输企业将配备有机组人员的飞机承租给他人使用一定期限，承租期内听候承租方调遣，不论是否经营，均按一定标准向承租方收取租赁费，发生的固定费用均由承租方承担的业务。
（二）分清交通运输服务和物流辅助服务。
提供交通运输服务的税率为11%，而物流辅助服务属于提供现代服务业的税率则为6%，企业应分别核算交通运输服务和物流辅助服务业务的销售额，特别是物流辅助服务业中的货物运输代理服务，分别不同的税率计算。
交通运输业，是指使用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。
货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输劳务情况下，为委托人办理货物运输及相关业务手续的业务活动。
四、符合条件的支付给其他单位价款可以扣除。
对于支付给其他单位可扣除的价款，需要区分以下二种情况来扣除：
（一）支付给非试点纳税人的价款。
《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税[2011]111号）附件2 《试点有关事项规定》第一条第（三）项规定：
试点纳税人提供应税服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用，扣除支付给非试点纳税人（指试点地区不按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人和非试点地区的纳税人）价款后的余额为销售额。
1、一般纳税人
计税销售额=（取得的全部含税价款和价外费用－支付给其他单位或个人的含税价款）÷（1+对应征税应税服务适用的增值税税率或征收率）
2、小规模纳税人
计税销售额=（取得的全部含税价款和价外费用－支付给其他单位或个人的含税价款）÷（1+征收率）
（二）支付给试点纳税人的价款。
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