一、经济适用房项目初始纳税申报必须附证明。开发企业对经济适用房项目的预售收入进行初始纳税申报时,必须附送有关部门的批准文件以及其他相关证明材料。凡不符合规定或未附送有关部门的批准文件以及其他相关证明材料的，一律按销售非经济适用房的规定计算缴纳企业所得税。
二、开发产品是否完工要对照下列标准来执行。规定，凡符合下列条件之一的，应视为开发产品已完工：一是竣工证明已报房地产管理部门备案的开发产品（成本对象）；二是已开始投入使用的开发产品（成本对象）；三是已取得了初始产权登记证明的开发产品（成本对象）。凡已完工开发产品在完工年度未按规定结算计税成本，或未对其实际销售收入毛利额和预售收入毛利额之间的差额进行纳税调整的，主管税务机关有权确定或核定其计税成本，据此进行纳税调整，并按《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定对其进行处理。此举旨在督促房地产开发企业在预计计税毛利率低于实际利润率的情况下，对已完工开发产品积极结算成本，保证国家税收不流失。
三、对于开发产品计税成本标准作了原则规定。开发企业在进行成本、费用的核算与扣除时，必须按规定区分期间费用和开发产品成本、开发产品会计成本与计税成本、已销开发产品计税成本与未销开发产品计税成本的界限。.......特别对开发企业在开发区内建造的会所、停车场库、物业管理场所、电站、热力站、水厂、文体场馆、幼儿园等配套设施；在开发区内建造的邮电通讯、学校、医疗设施及开发企业建造的售房部（接待处）和样板房等税务处理进行了明确。
四、规定了成本费用项目核算和税前扣除原则。对公共配套设施费、前期工程费、基础设施建设费、建筑安装工程费、开发间接费用等主要成本项目，国税发[2006]31号文规定了其核算和税前扣除原则：......
同时，针对《企业所得税税前扣除办法》的有关广告费、业务宣传费和业务招待费税前扣除规定，为合理解决房地产开发企业正常生产经营所需的三项费用扣除问题，国税发[2006]31号文规定：新办的房地产开发企业在取得第一笔销售开发产品收入之前发生的广告费、业务宣传费和业务招待费，可以向以后年度结转，但最长不得超过3年（而国税发[2003]83号则规定可无限期结转以后年度）。
五、通过资本弱化和关联交易筹划方法被叫停。为了防止开发企业通过关联交易转移利润，国税发[2006]31号文规定，开发企业将暂时闲置不用的自有资金依法借给全资企业的，全资企业支付的利息不得在税前扣除；依法借给全资企业以外其他关联企业的，关联企业借入资金金额在其注册资本50％以内（含50％）的部分，可在按金融机构同类同期贷款基准利率计算的标准以内据实扣除；超过注册资本50％的部分，其超过部分负担的利息支出，不得扣除。
六、新办房地产企业减免税优惠政策受到限制。国税发[2006]31号文规定，房地产开发企业不得享受新办企业的税收优惠，同时规定以销售房地产开发产品（包括代理销售）为主的企业也不得享受新办企业的税收优惠。
七、对房地产企业税收征管方式要按新的要求。国税发[2006]31号文规定对房地产开发企业不得事先按核定征收方式征收、管理企业所得税，必须是符合税收征管法第35条规定的情形的房地产开发企业，才可按核定征收方式征收企业所得税.
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